抗战胜利后中央派蔡孝乾潜入台湾发展
1945年8月，抗战胜利后，中央立即计划派遣台籍干部蔡孝乾为台湾省工作委员会书记，准备在台湾恢复建立党组织。1946年7月，蔡孝乾、陈泽民、洪幼樵、张志忠等人潜入台湾组成台湾省工委，领导台湾的地下工作。蔡孝乾被选中作为台湾地下党的第一领导人，除了其在大陆期间出色的工作表现外，其作为原台湾共产党的创始人的身份，更是及其重要的因素。
然而，1928年就离开台湾已18年的蔡孝乾，发现家乡物是人非，他对战后台湾情况十分陌生，只好侧重于联络老台共党员，建立组织。
与人们想象的不同，台湾共产党与中国共产党的关系，并非是上下级关系，而且很不融洽。1928年，台湾共产党成立，是作为日本共产党台湾支部存在的，与中国共产党并没有直接关系。
台共成立不久，爆发上海读书会事件，台共文件被日本军警截获，蔡孝乾等人怕被日方追捕，逃回大陆。台共组织面临自行瓦解，这时同为台共创始人的谢雪红重建台共，并将蔡孝乾等人视为逃兵开除出党。
老台共已遭日军破坏 地下党发展困难
不久，日本共产党瓦解，以谢雪红为首的台共要求成为共产国际直属的支部，而中共和共产国际则要求台共归属中共领导，1931年，中共特派员遥控台共将谢雪红及其支持者开除出党。然而，决议尚未实施，台共就遭日本占领军破坏，领导层几乎全部被捕，台共陷于瘫痪。但是，谢雪红领导台共3年，树立起了自己很高的威望。被称为“高度民族自决的先锋”，“台独之母”。
蔡孝乾到台湾后，一方面要依赖以谢雪红为首的老台共立足，一方面又将地下党组织的主要领导职位多数安排大陆派遣干部，历史的矛盾，现时的矛盾，加上理念的不同，使整个台湾地下党内部矛盾重重，发展缓慢。初期的工作只能联系旧台共份子，在原宗族亲属中拓展关系以及拉拢抗日知识菁英。总体而言，省工委发展最成功的新生力量仍是高等校院的知识菁英，不过在工农群众中，党的力量仍然脆弱。
47年台共组织起义 遭到国民军队镇压失败
1947年1月，省工委接获中共中央的指示，针对发生在大陆的“沈崇事件”，在台北发动议场大规模的反美示威。此时，台湾地下党仅有70多人，这一要求显然超出了当时台湾工委的能力。
不过一个月以后的“二、二八事件”突然爆发，形成了席卷整个台湾的大规模民变。面对这一突发事件，台湾工委明显措手不及，内部矛盾进一步凸显。在应对上各自为政。以蔡孝乾为首，采取了静观其变的政策。然而这一政策，并没有贯彻下去。
谢雪红在台中，张志忠在嘉义，相继组织民众起义，占领当地国民党政府机构。组建“二七部队”（台湾民主联军，台湾自治联军），但是互不统属，互不支援，在国民党军队的进攻下，迅速失败。谢雪红逃亡香港，张志忠转入地下活动。
总的来讲，“二二八”事变对老台共造成的打击较大，而对大陆派遣入台干部，没有受到大的损失。
49年台湾地下党已掌握5万名群众
“二二八”事变后，台湾本省人对国民党丧失信心，本省人与外省人严重对立，台湾地下党获得迅速发展，人员迅速发展到285人。但总体来讲，发展仍然缓慢，台湾地下党仍然处于完全的秘密活动中，被破坏和打击也比较小。
1948年5月，蔡孝乾赴香港，参加了华东局主持的关于台湾工作的会议。会上，蔡孝乾受到批判，说他在“二二八”起义中作风独断专行，严重脱离群众，犯有主观主义错误，未能将毛泽东思想与台湾具体情况相结合。
遭受批评的蔡孝乾返回台湾后，加大了台湾地下党的建设力度，台湾地下党组织得到迅速发展。此后至1949年4月不到一年，台湾地下党组织蓬勃发展，正式党员增至1300多人，据蔡孝乾的说法，如果算上即将入党的同情群众，还得增加两千人以上，如果再加上可以动员的普通群众，例如“高山族”、“三七五减租佃农互助会”和军警等，可以掌握的群众将达五万人。
台湾地下党发动农民减租和学生运动
随着实力的增长，在台工委的领导下，发动了彰化永靖乡的农民减租斗争、台北机务段员工运动，以及1949年3、4月的台大与师范学院的学生运动，7月，台北邮政局员工发动请愿风潮等等。特别是1949年4月6日台大学生与台北警察发生冲突造成的“四六学潮” 鼓动起的反美、反蒋浪潮。
一九四九年春天，台湾省工委向各级地下党同志下达了工作方针:“各级党的组织，必须将每个党员、积极份子动员起来，在一切为了配合解放军作战的总口号下，立即转入战时体制，建立必要的战时机构。”
地下党决心在50年4月起义响应解放军攻台
这个时期省工委的运作十分积极，1949年向中共中央提出《攻台建议书》，表示:“如果我们的攻台计划，需要考虑季节风势的话，则攻台日期，应以明年四月最为适当。”当时台湾之地下党设定1950年4月，作为从岛内响应解放军攻台行动的发起时间。
随著大陆国共内战的基本结束，中共急于开展对台湾的解放工作。因此，台湾地下党也在忙著召开一连串的秘密会议。1949年12月，中共台湾省工作委员会发出了题为“怎样配合解放军作战”的指示，这项指示表明：“台湾的解放更接近了，台湾的解放是肯定的，而且为期是不远的。台湾的解放主要依靠人民解放军从外面打进来。…台湾组织的任务是很迅速很切实的来准备力量配合解放军作战”台湾省工委并提出了六项配合解放军作战的具体任务。
然而，他们并不知道，危险正一步步来临。
保密局破获地下刊物 地下党秘密浮出水面
1949年8月，有人在台北台湾大学校园散发地下党的机关刊物《光明报》，国民党保密局顺藤摸瓜，破获《光明报》印刷所，抓捕基隆中学校长钟浩东等44人，其中7人被处决。钟浩东虽然在受审时坚贞不屈，但仍无意中透露出联系人“老郑”。
随后，保密局抓获地下党高雄市工作委员会工运负责人的李汾，并将其策反，于十月三十一日抓获台湾省工作委员会副书记陈泽民，陈泽民也是第一个被抓获的台湾工委负责人。陈泽民随后供出蔡孝乾也就是“老郑”的住址。
保密局抓获地下党领导人 但又被逃脱
1950年1月1日夜，在蔡孝乾住处蹲守1个多月的特务，终于抓住了回家的台湾工委书记蔡孝乾。但此时保密局并不知道蔡孝乾（老郑）的真实身份，1月6日蔡孝乾假意合作，表示愿意帮助捉捕一个掌握着整个台湾地下联络人员名单施姓秘密联络人，在获取信任后，谎称姓施的在电信局工作，自己愿意到现场接头，保密局办案人员可以实施抓捕。到达电信局时，蔡孝乾称为避免接头人怀疑，要求抓捕人员与他保持距离，趁着人众杂乱的时候，蔡孝乾甩开抓捕人员从后门逃脱，但未成功。
蔡孝乾又继续谎称接头人今天未上班，自己愿意晚上继续带领办案人员到另一地点进行抓捕。或许是蔡孝乾表演的好，又或许是办案人员太想获得抓捕台湾省共最高领导人的大功，保密局人员又相信了蔡孝乾。晚上，蔡孝乾带领他们到一处木材加工厂，利用夜色与地形成功逃脱。
保密局顺着被捕人员笔记信息顺藤抓人
蔡孝乾成功逃脱之后，在第一时间通知了他能联络上的人：屠剑虹、严秀峰、朱湛之以及其他相关人员。随后逃往嘉义县奋起湖隐藏起来。蔡孝乾的逃脱，使一大批干部得以转移，摆脱了特务的魔爪。
屠剑虹，在第一时间离开台湾，是“吴石案”唯一逃脱的中共地下党员。
严秀峰，因丈夫是台湾省党部副主任委员，又因刚刚生育，抱着侥幸心理，未及时转移，因而被捕，获刑十五年。
朱湛之，在接到通知后，并不慌张，仍然居住在自己女婿段成愈家中，直到去往香港的船只戒严，2月4日才拿着吴石开给的特别通行证乘坐海军飞机到达舟山。
保密局通过研究蔡孝乾家中搜查出的资料，发现了朱湛之和蔡孝乾的电话号码，随即找到朱湛之女婿家，并最终在2月14日于舟山将携带重要情报的朱湛之抓获。朱湛之在押解途中吞金自杀不成功，被运回台北后招供出屠剑虹，严秀峰。
蔡孝乾的笔记中，保密局发现了一个地址，综合陈泽民的口供，确定是张志忠的住所，2月7日，台湾工委武装部长张志忠在住所被捕。
保密局发现最大间谍国军国防部次长吴石
保密局还从蔡孝乾的文件中发现了吴次长的名字，而台湾只有一位吴次长就是吴石。鉴于吴石的官职，保密局先到吴石家搜查，引起吴石慌乱，然后要求带走吴石的太太，慌乱中吴石竟然躲进卫生间吞安眠药自杀，被制止。随后通过审讯吴石的太太，获知吴石真实身份。随即于3月1日，抓捕吴石，吴石在抓捕后，立即书写自白书，将所知的地下党员全部供出，为表示自首的真诚，还提供了大量线索，蔡孝乾的身份也因此暴露。
张志忠在审问中供出了蔡孝乾可能藏匿的地点，1950年3月1日，逃亡3个月的蔡孝乾再次被抓，感到大势已去的他很快将台湾地下党合盘托出，3月4日，台湾工委宣传部部长洪幼樵在逃亡香港的码头上被抓获。至此，台湾地下党工委被全部破获。
台湾地下党几乎全部被捕 遭到严重挫败
蔡孝乾、陈泽民、洪幼樵、张志忠四人被捕后，除张志忠宁死不屈，于1954年被处决外，其他三人相继叛变。台湾地下党几乎被一网打尽，先后有1800多人被侦讯，400多人被捕。蔡孝乾、陈泽民、洪幼樵随后加入保密局，均获得上校军衔，蔡孝乾因工作出色，1956年被提升为少将军衔。
剩余地下党进入山区 停止发展新成员
1950年4月，为了因应此一空前危机，中共台湾省工委会发出“四月指示”，旨在重整地下党组织，下令各地在逃干部及人员，应迅速整理组织，进行深入隐蔽的群众工作，保存干部，蓄积实力。老洪（陈福星）为首的台湾北部地下党组织，根据 “四月指示”，于1950年底，秘密进入苗栗山区，意图重建地下党组织。
这个阶段的地下党，采取了几个防堵国民党特务渗透及积极进攻的作为，例如，停止吸收新党员，健全支部，巩固组织，以防止国民党特务打入组织内部；运用合法团体、民意机构、基层组织及地方派系等，进行与国民党的合法斗争；更重要的，是通过劳动深入农村、山区；从乡村到山区，禁止坐火车、坐汽车，不走公路、大路，专门走小路、夜路，住山竂、山洞、溪边、荒地、丛林。
52年12月保密局大行动逮捕600多人
1950年3月26日，保密局又在台湾中部山区，破坏了“竹子坑武装基地”，打死了四名地下党，打伤近十名地下党。1952年12月28日，又在台北郊区破坏了“鹿窟武装基地”，在当天的武装攻击行动中，保密局特务会同军警，一共逮捕了六百多名共产党嫌疑人。至此，抗战后潜入台湾发展的台湾地下党组织彻底覆灭。
保密局表现业余 地下党某些人过于大意
几十年过去了，对于台湾工委的失败，一般都把原因集中到两个方面，一个是蔡孝乾的腐化堕落和叛变，一个是台湾国民党退守台湾后能力的增强。但是如果我们细看历史，就会发现，实际原因并非如此。
如果说国民党退守台湾后，内部凝聚力增强可以理解，但就破获台共案的表现，能力方面确实问题多多，以愚蠢形容也不为过。不管蔡孝乾身份是否暴露，对于一个地下党要犯嫌疑人，竟然能有机会一天内两次逃跑，保密局难逃愚蠢之名。
对于从蔡孝乾家中查获的大量资料，不能及时处理和甄别，如果说吴石吴次长由于身份原因不能及时抓捕的话，那朱湛之居然有１个多月的时间没有被抓，则足以说明保密局工作能力之低下。如果不是朱湛之拖延了返回的时间，结局则完全不同。
台湾地下党领导人生活腐败 诱奸小姨子
蔡孝乾的叛变，通过时间就可以发现，他的叛变是在吴石，朱湛之被捕之后，虽然吴石，朱湛之的被捕，有他的责任，但是与其叛变并没有直接关系。
当然，人们也会盯住蔡孝乾的腐败问题，这个信息来自于国民党局长谷正文的回忆录，蔡孝乾，陈泽民、张志忠、洪幼樵几人被捕后，曾在牢房中集体批斗蔡孝乾。张志忠指著蔡孝乾破口大骂，指摘蔡某生活腐败，诱奸十四岁的小姨子（妻妹），侵吞一万元美金工作经费，天天上波丽露西餐厅（台北早年最贵的西餐馆）吃早点，中午和晚上在山水亭餐厅吃山珍海味，吃过晚饭上永乐町看戏，完全是一副资产阶级的嘴脸，竟然还敢到处张扬他是共产党在台湾的领导人。进入1949年后，蔡孝乾竟向岛内一些富人炫耀自己的身份以索要赞助，并声称若给钱则解放后必予关照。
但从整个案件侦破的情形看，蔡孝乾的上述行为即使是真的，也没有对台湾工委被破坏起过什么直接作用。蔡孝乾与小姨子的关系也是在蔡孝乾的妻子去世后才发生的。把一切责任都推到蔡孝乾身上，不能不说他是头号叛徒有直接关系。
地下党最大失误是用文字记录真实联系方式
从蔡孝乾个人的责任看，将联系人的真实姓名和联系方式用文字记录，严重违反地下工作保密原则，这是其首要错误，而其在大陆期间，长期从事宣传工作，缺乏秘密工作的经验。但在其到台湾后的初期工作看，还是比较稳妥的。
虽然发展较慢，但也符合“隐蔽精干、长期埋伏、积蓄力量、等待时机”，而转折发生在1948年5月，蔡孝乾参加了华东局主持的关于台湾工作的会议遭受批判之后。整体行动日益冒进，并最终被成功冲昏了头脑。但这个冒进的责任，是否应该由蔡孝乾一个人承担？
地下党没有电台发展速度过快造成隐患
从一些信息看，台湾工委的工作，除了情报工作之外，其他方面的工作，并不是非常受重视，台湾工委并不受中央直接领导，而是受华东局领导，层次比较低，在整个活动期间，始终没有电台，完全依靠交通员传递信息，结果造成与华东局的联系，时断时续。很多需要上级指示的重要问题需要自己拿主意，而受限于信息的不足，做出解放军４月渡海作战这样的错误判断也就不足为奇了。
在这些历史人物的研究中，由于大陆相关资料尚未揭秘，很多时候必须依赖台湾方面的解密资料和回忆录。但是经常会出现一种现象，如果一个人被大陆认定为叛徒，那么就会大力宣扬台湾记录中对其不利的一面，而如果一个人被大陆认定为烈士，那么台湾记录中一切有关此人不利的信息都会被认为是污蔑。于是，在我们面前，呈现的是一个个脸谱。
60多年过去了，那个时代的人几乎都已入土为安，但无法忘记在那个波澜壮阔的变革时代，无数人，在历史舞台上扮演着不同的角色。如何在史海中还原历史的真想，还原每一个人的真实面目，而不再是脸谱化的好人，坏人。
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